Walaupun gereja mengutuk homoseksual pada akhir Abad Pertengahan, mereka tidak terlalu bimbang tentang tingkah laku homoseksual, dan sikap seperti ini juga berlaku di dunia sekular. Walau bagaimanapun, sekitar abad ke-13, sikap toleran ini berubah dramatik. Sesetengah ahli sejarah menceritakan perubahan ini kepada iklim ketakutan dan sikap tidak bertoleransi yang berlaku pada abad ke atas kumpulan minoriti yang berlepas dari norma majoriti. Penganiayaan ini mencapai kemuncaknya dalam Inkuisisi abad pertengahan, ketika sektarian Cathars dan Waldenses dituduh melakukan kejahatan, sodomi dan satanisme. Pada tahun 1307, tuduhan meliwat dan homoseksual adalah penting semasa perbicaraan Knights Templar.