Salah satu khasanah keagamaan yang tumbuh, berkembang dan hidup di Kepulauan Natuna adalah eksisnya Lembaga Pendidikan Agama Islam. Lembaga Pendidikan Agama Islam bermula dari Pendidikan yang diselenggarakan di rumah-rumah Atok Imam (sebutan) untuk pemuka agama, adat dan tokoh di Masyarakat Natuna. Kemudian mengalami proses transformasi di Masjid dan rumah wakaf, Madrasah/Sekolah dan Pendidikan terintegrasi (Umum dan Agama) telah memberi kontribusi dalam transformasi agama dan keagamaan di Natuna. Agama Islam kemudian hadir dan mampu mewarnai berbagai aspek kehidupan agama, sosial dan budaya Masyarakat Natuna. Kedepan peran Pendidikan Agama Islam, diharapkan mampu menghadirkan kekuatan etik, paradigmatic dan solutif dalam menjawab berbagai perubahan Masyarakat yang terus berkembang tanpa akhir. Lebih-lebih bagi Masyarakat Natuna yang berada di perbatasan, berbagai intraksi ideologi, budaya, ekonomi dan sosial dengan negara asing akan memberi dampak positif maupun negatif dalam pemahaman dan pengamalan nilai-nilai Islam dalam kehidupan. Kajian tentang jejak transformasi kelembagaan Pendidikan Agama Islam di Natuna ini, adalah bagian dari ikhtiar penulis untuk mengungkapkan keberadaan kelembagaan Pendidikan Agama Islam di Natuna. Sehingga kelembagaan Pendidikan Agama Islam di Natuna akan terus dikenali dan dijadikan rujukan dalam pengambilan berbagai kebijakan, terutama untuk penguatan dan kelembagaan pengembangan Pendidikan Agama Islam di Natuna.